منذ أن تمت إقالة رئيسه في جويلية 2015 خلال فترة حكومة الحبيب الصيد، غاب المجلس الإسلامي الأعلى عن مسرح الجدل الديني والسياسي، ليعود في 20 جويلية 2018 من خلال بيانه المعارض لتقرير لجنة الحريات الفردية والمساواة الذي اعتبره ”مخالفا لما جاء في القرآن الكريم والسنة النبوية من أحكام شرعية قطعية الثبوت والدلالة“. هذه المؤسسة التي تعود نشأتها إلى أواخر الحقبة البورقيبة، ارتبط دورها وتركيبتها بالسياسيات الدينية لأنظمة الحكم، منذ عهد الرئيس الأسبق بن علي إلى صعود الإسلاميين إلى سدة الحكم بعد سنة 2011.
