منذ تركيزها وانتخاب أعضائها واجهت هيئة الانتخابات أزمات متتالية، تجلت بداية باستقالة رئيسها الأسبق شفيق صرصار مرورًا بطلب إعفاء رئيسها الموالي محمد التليلي المنصري المقدّم من أعضاء مجلسها، وصولا إلى مرحلة ما بعد 25 جويلية 2021 والمناورات التي قام بها قيس سعيّد لتغيير طريقة تعيين أعضائها وما خلفته من تشكيك في استقلاليتها، إلى جانب طلبات الإعفاء المرفوعة إلى رئيس الدولة، والتي طالت العضو السابق سامي بن سلامة في أوت 2022، والعضو الحالي ماهر الجديدي.
