Des tiraillements entre les autorités centrales et locales ont vu le jour avec la publication de la circulaire n°9 de la présidence du gouvernement datée du 25 mars 2020 sur  « l’obligation de coordination avec l’autorité de supervision avant la prise des mesures et procédures dans le cadre de la lutte contre le danger de propagation du virus “Corona” ». L’initiative a en effet suscité les critiques de juristes et de certains intervenants dans la gouvernance locale.

Ladite circulaire appelle les ministres, les Secrétaires d’État, les gouverneurs ainsi que les maires et les responsables des institutions publiques à « ne pas prendre de mesures en dehors du cadre des décisions annoncées par le gouvernement », et à « la nécessité d’en référer au préalable à l’autorité de supervision », en cas de prise de mesures préventives supplémentaires. Or selon la professeure de droit public Afef Marrakchi, cette démarche accordant une certaine prééminence au pouvoir central n’est guère conforme aux dispositions de la Constitution ni celle de la loi organique n°29 de 2018 relative au Code des collectivités locales.