منذ تأسيسه سنة 2017 وإلى اليوم، يتنازع المجلس الأعلى للقضاء مع السلطة التنفيذية، وتحديدا الحكومة، وبدرجة أقل رئاسة الجمهورية، على عدد من المسائل العالقة التي تخص السلطة الترتيبية العامة والصلاحيات التي يتمتع بها المجلس في علاقة بتسيير شؤون القضاة وإدارة المحاكم والحركات القضائية السنوية.
