عرفت الهيئة العليا المستقلة للانتخابات أزمات داخليّة طفت على السطح وأصبحت محلّ سجالات إعلامية وتتبعات قضائيّة، وذلك منذ استقالة شفيق صرصار في ماي 2017 وإقالة محمد التليلي المنصري في 2018 إلى حدّ إعلان نبيل بفون الرئيس الحالي للهيئة عن إمكانية إعفاء عضوين من المجلس. صراعات داخليّة واتهامات بالفساد والتدخّل الأجنبي والتشكيك في نزاهة الانتخابات وارتهان الهيئة للمحاصصات السياسية في انتخاب أعضائها وغيرها من المشاكل قد تنسف الهيئة الدستورية الوحيدة وتضرب المؤسسات الديمقراطية في العمق.
